Distribuidos desde el noroeste hasta el noreste se suceden, sobre las aguas de la Bahía el Rosario, pequeñas islas que forman el sub-archipiélago Los Cayos de Piedra, localizados al norte del municipio de Yaguajay formando parte del Archipiélago Sabana – Camagüey, el cual manifiesta marcadas particularidades de riqueza y heterogeneidad en los distintos componentes físico – geográficos, así como recursos espeleoarqueológicos de considerable significado natural y científico, cuyo núcleo geológico son las 14 cúpulas cársicas formadas por rocas calcáreas del mioceno, con una antigüedad aproximada de 25 y 30 millones de años.

Estos cayos sustentan un elevado por ciento de los valores y atractivos del Parque Nacional Caguanes.  Lo integran 10 cayos: Aguada, Lucas, Salinas, Fábrica, Cuevas, Ají, Ajicito, Ermita, Obispo y Palma; y un penicayo, que es Cayo Caguanes .

En su conjunto, los cayos están rodeados por la Bahía de Buenavista, accidente litoral más importante del norte de la provincia Sancti Spiritus. En el caso de Punta Caguanes, Isla del Medio y Caguanes propiamente dicho, su límite meridional es la tierra firme, con la cual contactan por una franja de llanura acumulativa cuyos bosques de  mangle, en continuo crecimiento a expensas del mar, unieron a estos antiguos cayos a la tierra firme, conformando el penicayo.

La cayería de forma general presenta un rico potencial faunístico avalado por el registro de 429 especies pertenecientes a 340 géneros y 178 familias; unido al elevado endemismo representado por 86 especies y subespecies endémicas.

Área marina del parque

Al nordeste del Parque Nacional Caguanes se encuentran las aguas someras de la Bahía de Buena Vista que presentan profundidades entre 1 y 3 metros; fondos fango arenosos con amplias áreas de ceibadales poblados por yerbas y algas. Esas praderas marinas constituyen el primer eslabón dentro de la cadena alimenticia de estos ecosistemas costeros.